ファイルを、より多くのディレクトリへ分けて配置する。
1 つのディレクトリに入るファイルの数を減らすと、そのディレクトリの一覧を取得する処理は軽くなります。AWS も Persistent 2 のファイルシステムでは 1 ディレクトリあたり 10 万件未満に抑えることを推奨しており、親ディレクトリのロックを取得する時間が短くなる効果があります。
ただしプロビジョニングされているメタデータ IOPS の上限はディレクトリの分け方では変わらず、ジョブ全体で必要な操作の数も変わらないため同じ上限に突き当たります。すでに置かれている 3 億件のファイルを配置し直す作業そのものも、大がかりになります。